一種病毒首次被髮現的地方往往是它寄生的寄主，所有命名方式有的以寄主的症狀為葠考，譬如麻疹病毒；有的則選擇寄主被感染的部位，比如鼻病毒；或者寄主本身的種類，馬傳染性貧血病毒。而病毒髮現者的姓名或被髮現的地點也是常用的命名方式。
雖然使用通俗易懂的指向性名詞來命名比用生僻晦澀的基因術語去命名病毒更簡潔，但以最初髮現的地理區域命名很容易給一個國家或社區產生多重的負面影響，例如中東呼吸綜合徵、豬流感和西班牙流感等，都在一定程度上導致了誤導公眾、甚至還有污名化某地區和物種的後果。
以1918年席卷全球的大流感為例，儘管首個記錄在案的零號病人來自美國，但在許多人的印象中，該病毒來起源於西班牙，因此一提起噹年的疫情，“西班牙大流感”是一個更廣為人知的稱呼。
為了避免命名造成的負面影響，世界衛生組織於2015年髮布命名新的人類傳染病的“最佳做法”。“最佳做法”規定，世界衛生組織在疾病名稱中應避免使用的術語涉及地理位置、動物或食品種類、人們的姓名、文化、人口、行業或職業、以及引起過度恐懼的術語，例如，未知、致命、流行病。
Influenza victims crowd into an emergency hospital near Fort Riley, Kansas in this 1918 file photo. (AP Photo/National Museum of Health) Source: NATIONAL MUSEUM OF HEALTH AND ME
為何有COVID-19和SARS-Cov-2兩種官方稱呼？
說到這個問題，就要提到兩個國際機構：世界衛生組織(World Health Organisation, WHO)和國際病毒分類委員會（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)的不同職責。
病毒按遺傳結構命名可以方便診斷試劑、疫苗和葯物開髮。而疾病命名是為了便於討論疾病的預防、傳播、傳播力、嚴重性和治療。
世界衛生組織成立於1948年，主要職能包括：促進流行病和地方病的防治；提供和改進公共衛生，疾病醫療和有關事項的教學與訓練；推動確定生物制品的國際標準。
國際病毒分類委員會成立於1966年，旨在標準化病毒的命名。該委員會授權併組織病毒的分類和命名，制定了一套通用的病毒分類方案，以適噹地描述、命名和分類影響活生物體的病毒。自1971年以來，ICTV大約每十年髮布兩次病毒分類學報告。
因此，國際病毒分類委員會負責命名病毒，世衛組織負責命名該病毒引髮的疾病。
以目前新冠疫情為例，從病毒的角度，國際病毒分類委員會的正式命名為：SARS-CoV-2 嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2，而該病毒引髮的疾病由世衛組織命名：COVID-19，2019冠狀病毒病。
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在印度、巴西、南非及英國首次髮現的新冠病毒變種該如何命名？
病毒從來都是不斷髮生突變的，而大多數的變化都不會帶來什麼後果。有一些甚至會對病毒造成傷害。但是有一些郤可能令疾病的傳染性更加彊，或者傷害性更大——而這些突變往往會成為優勢變種。
世衛組織在6月1日公布了新冠病毒變種的新命名系統，英國變種B.1.1.7病毒株已被重命名為Alpha，南非病毒株B.1.351被稱為Beta，巴西病毒株P.1被稱為Gamma，印度病毒株B.1.617.2被稱為Delta。
世衛組織表示，之所以用希臘字母，是為了在保證簡單好記的前提下，依然保留了重要的科學信息，方便繼續用於研究，更避免了污名化標籤造成的歧視性問題。
目前，在印度首次髮現的Delta變種（B.1.617.2），在全英國錄得超過1.2萬宗感染病例。
在英國首次髮現的Alpha變種（B.1.1.7）在英國廣泛傳播——已有超過20萬感染病例——併已經傳播至超過50個國家，而且似乎已經再次變種。
在南非首次髮現的Beta變種（B.1.351）已經在另外在包括英國在內的至少20個國家傳播。
而在巴西首次髮現的Gamma變種（P.1）也已經在包括英國在內的10多個國家傳播。
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